Struktur organisasi sesuai dengan Peraturan Daerah Nomor 4 tahun 2021 tentang tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah dan Peraturan Gubernur Nomor 12 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Perangkat Daerah terdiri atas:

1. Sekretariat;

2. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;

3. Sub Bagian Keuangan;

4. Bidang KORPRI, Pengadaan, dan Sistem Informasi Kepegawaian;

5. Bidang Mutasi, Kepangkatan, dan Promosi;

6. Bidang Penilaian Kinerja, Disiplin, dan Penghargaan;

7. Bidang Pengembangan Aparatur;

8. Unit Pelaksanaan Teknis Daerah; dan

9. Kelompok Jabatan Fungsional.

Bagan Struktur Organisasi dan uraian Tugas dan Fungsi Badan Kepegawaian Daerah dan KORPRI Provinsi Kepulauan Riau yang ditetapkan dengan Peraturan Gubernur Nomor 12 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Perangkat Daerah, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Perangkat Daerah, adalah sebagai berikut: